電子カルテ・レセコンと連携しても初診の予約はできますか?

はい、可能です。

初診の場合は、カナ氏名と生年月日のみで予約登録が可能です。
医療機関様側も初診予約の場合は、一目でわかるようになっています。

患者様側の予約登録画面に「初診です」のチェックボックスが表示されます。
チェックをつけると診察券番号の入力欄が非表示になります。

患者様予約登録ページ
予約登録画面の「初診です」チェックボックス

 医療機関様側は、初診の予約が入ると予約一覧で赤文字で初診と表示されますので一目でわかります。

予約一覧
予約一覧の初診表示